分子进化速率取决于蛋白质或核酸等大分子中的氨基酸或核苷酸在一定时间内的替换率。生物大分子进化的特点之一是，每一种大分子在不同生物中的进化速度都是一样的。蛋白质分子进化速率计算公式：

Kaa=(daa/Naa)/2T。

式中：daa为两种同源蛋白质中氨基酸的差异数，Naa为同源蛋白质中氨基酸残基数，T为2种生物的分歧进化时间。每个密码子每年的突变频率约为(0.3-9)×10^-9.